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사이뇌는 셋째뇌실 양쪽에 있으며 등쪽은 가쪽뇌실과 대뇌, 가쪽은 속섬유막과 접해 있다. 뒤부분의 배쪽은 중간뇌로 이어지며 앞부분은 뇌바닥의 일부가 된다. 또한 시상아래고랑에 의해 시상과 시상하부로 나뉜다. 시상은 여러 뇌 부위와 연결되어 이들의 중계핵 기능을 하는 동시에 감각의 중계핵 역할도 하는 중요한 영역이다. 시상하부는 자율신경계통의 중추이다.
* 시상하부(hypothalamus): 수면, 섭식, 체온조절, 성행동 등 자율신경계통의 최고 중추이다.
* 시각교차(optic chiasm): 망막의 안쪽 절반에서 온 시각 신경섬유가 시상하부 앞쪽 한가운데에서 교차해 반대쪽의 가쪽 무릎체까지 도달한다.
* 뇌하수체(pituitary gland): 사이뇌 바닥 부분에 위치한 내분비기관. 시상하부의 통제 아래 말초의 내분비를 조절하는 상피성 앞엽과 옥시토신, 바소프레신을 분비하는 신경성 뒤엽으로 구성된다.
시상은 사이뇌 등쪽에 있는 좌우 한 쌍의 달걀 모양 회색질이다. 주요 기능은 다음과 같다.
- 감각의 중계핵(배쪽뒤안쪽핵, 배쪽뒤가쪽핵, 안쪽무릎체, 가쪽무릎체)
- 소뇌와 대뇌핵에서 온 운동 정보를 중계해 대뇌겉질로 보낸다.
- 의식을 유지한다.
단 감각 중에서 후각은 예외로, 후각망울에서 시상을 경유하지 않고 곧바로 후각영역으로 간다고 알려져 있다.
* 배쪽앞가쪽핵(ventral anterolateral nucleus)(VAL핵): 반대쪽 소뇌핵에서 나온 섬유가 위소뇌다리를 형성하고 중간뇌에서 교차해 이곳에서 끝난다. 대뇌겉질의 운동영역, 운동앞영역에 섬유를 보낸다. 소뇌가 운동을 조절하는데 중요한 중계점이다.
* 배쪽뒤안쪽핵(ventral posteromedial nucleus)(VPM핵): 삼차신경에 의해 전달된 머리 부분 감각의 중계핵. 뇌줄기의 삼차신경 감각핵에서 오는 이차 신경세포가 여기에서 끝나고, 삼차신경세포는 속섬유막을 지나 겉질 감각영역에 이른다. 미각을 전달하는 신경도 여기에서 중계되어 겉질의 미각여역으로 간다.
* 배쪽뒤가쪽핵(ventral posterolateral nucleus)(VPL핵): 몸감각의 중계핵. 척수에서 올라온 몸통과 팔다리의 정보를 전달하는 이차신경세포가 끝난다. 여기에서 나온 삼차신경세포는 속섬유막의 뒤다리를 지나 대뇌겉질 감각영역에 도달한다.
*가쪽무릎체(lateral geniculatte body): 시상 뒤부분의 배쪽 가쪽에 있는 타원형 융기로, 속에 가쪽무릎체의 핵이 있다. 망막에서 온 시각 정보를 중계해 시각영역으로 보낸다.
* 안쪽무릎체(medial geniculate body): 시상 뒤부분의 가쪽무릎체 안쪽에 위치한 융기로, 속에 안쪽무릎체의 핵이 있다. 이 핵은 중간 뇌의 아래둔덕에서 오는 청각섬유를 중계해 대뇌겉질 가로관자이랑의 청각영역으로 보낸다.
*시상베개(pulvinar): 시상 뒤쪽이 중간뇌 위로 돌출된 부분. 중간뇌의 위둔덕 등과 연결되며 시각의 통합에 관여한다.
* 속섬유판(internal medullary lamina): 시상을 안쪽과 가쪽으로 나누는 말이집신경섬유다발이다.
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